Да, должна, поскольку все без исключения организации, переходящие на УСН, обязаны соответствовать условиям, установленным для такого перехода (пункты 2, 3 статьи 346.12 НК РФ). Организации, совмещающие ЕНВД с общей системой налогообложения и переводящие на УСН только часть своей деятельности, обязаны определить соответствие установленным условиям суммарной величины доходов по всему бизнесу в целом (письмо Минфина России от 5 сентября 2006 г. № 03-11-04/2/184).
В том случае, когда организация выходит из-под налогообложения по ЕНВД в середине года, она имеет возможность начать работу на УСН с начала месяца, в котором данный факт имел место (абзац 2 пункта 2 статьи 346.13 НК РФ). Если указанная ситуация произойдет до окончания третьего квартала, то определить величину доходов за девять месяцев текущего года будет невозможно. В соответствии с приложением 1 к приказу МНС России от 19 сентября 2002 г. № ВГ-3-22/495 в такой ситуации организация может не сообщать о величине доходов за девять месяцев года.